以下の記事を見つけました。zipcloakを使ってきました。
mac標準でパスワード付きzipの作成（zipcloakは危険の巻） #Mac - Qiita
この記事の指摘の通り、動作がなんか変だったんですよね。。。CRCチェックエラーで。解凍はできていたのでまあいいかくらいに考えていましたが。動作は確実な方が安心ですね。
ちなみに、僕はフォルダごと圧縮することが多いので以下、自分のメモとして書いておきます。
例えば、aというフォルダをまるごと鍵付きで圧縮する場合です。
zip -re a.zip a
パスワードを入れたらOKでした。当然ですが、Google Driveにアップしてもこのファイルの中身は見れませんでした。
