さきほどパソコンを立ち上げたらEvernoteが更新されて。。。ノートなどの移行処理が終わってみると表題の通りになっていました。具体的には以下のような感じです。
とりあえずクラウドの方は大丈夫（ノートブックの重複なし）だったのでパソコンからEvernoteアプリを一旦削除（AppCleaner.appを使用したのでApplication Support以下のデータも削除されていることを確認しました）して、再度、Evernoteをインストールしなおしたら元に戻りました。
結果的にどうってことはなかったのですが、研究メモなどはEvernoteを頼り切っているので破損すると大変。。。ぐぐってもあまり事例報告がなかったのでブログにメモしておきます。
