PDFで図を作っていたんですがプレビューで開いたときにブックマークを押してしまったらしく。。。こんな状態になりました。Kindleとかでもよくあるやつですのでブックマークアイコン?をクリックすれば消えるのかと思いきや反応なしorz

ぐぐりました。なかなか見つかりませんでしたが、一応、以下の書き込みのおかげで削除できました。
How can I delete a bookmark in Preview? - Apple Community

一応、操作方法を書いておきます。ちなみにバージョンはSequoiaです。
ブックマークの削除方法
上記のコメントでは「表示」を選択してブックマークを選ぶようですが、たぶん、以下のアイコンを押して選んだ方が早いような気がします。

すると左ペインにブックマーク一覧がでますので、右クリックして削除を選択すれば消せます。

でした。