使い方が良くわかっていないので正しいかどうかわかりませんが、上記に関連して、Netbeans+Javadbでデータベースを作成したあと、接続プロパティ（っていうのかな？Eclipseではそう呼んでいたけど）を削除しても、データベースは削除されないようです。仕方がないので手動（非GUI）で消すと再度、同じ名前でデータベースを作成することができました。
手順：ターミナルを開き、ホームディレクトリで以下のコマンドを入力します。以下は既に作成されているデータベース名がtestの場合です。
cd .netbeans-derby/
rm -r test
